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El laboratorio del ALLIC está dividido en departamentos, equipado con los elementos necesarios para una óptima realización de sus tareas, cada uno de los cuales tiene una función específica dentro del conjunto del laboratorio. Los departamentos de los cuales consta son: laboratorio de química de referencia y análisis especial, laboratorio de análisis automatizado, laboratorio de microbiología, unidad de garantía de la calidad, dirección técnica, informática, servicio externo, administración y gerencia.